3月29日，中國科學院北京生命科學研究院趙方慶研究員應邀做客第25期生物醫學與健康前沿論壇，報告在農業微生物資源發掘與利用全國重點實驗室D座C605會議室進行，陳振夏教授主持報告。
趙方慶研究員，講述了他們團隊首次提出基于微生物互作網絡的新算法NetMoss，實現高效整合大規模菌群數據，以及精準識别疾病相關标識物的科研故事。作為一個非常複雜的生态系統，腸道菌群對于機體免疫代謝的調節，以及疾病發生發展的機制至今仍處于研究的初級階段。微生物豐度與穩定表達的基因不同，個體間差異巨大，有些微生物甚至在某些個體中不存在。用“豐度”作為指标分析微生物的測序數據可能并不準确。而通過構建微生物互作網絡，保留了每一個子數據集最原始的生物互作信息，通過進一步的整合，可以基于更龐大的數據進行生物标記物的挖掘。
接下來，趙方慶彙報于2023年4月發表在Nature Protocols 上發表題為：Full-length circular RNA profiling by nanopore sequencing with CIRI-long 的研究論文，建立了環形RNA全長轉錄本解析和高效挖掘的技術體系。該技術可以實現對不同長度環形RNA全長結構的直接測定，可應用于多種組織與細胞樣本，頗具應用前景。
最後，趙老師表示他們首次建立了胞外小囊泡異質性追蹤算法SEVtras，并提出胞外小囊泡分泌活性指标，從細胞外尺度刻畫了不同類型細胞的生理活動狀态。經過多重實驗驗證及單細胞組學數據評估，SEVtras被證明可以有效識别單細胞數據中的胞外小囊泡并準确度量其分泌活性。
報告結束後，趙方慶研究員與在場師生展開了熱烈讨論。
【報告人簡介】趙方慶，博士生導師，中國科學院北京生命科學研究院研究員。主要緻力于建立高效的算法模型和實驗技術，探索人體微生物與非編碼RNA的結構組成與變化規律，以期解析它們與人類健康和疾病的關系。近年來，在Cell、Gut、Nature Biotechnology、Nature Methods、Nature Computational Science等刊物上發表通訊作者論文90餘篇。
