科研進展

我校開發出包含多物種性别相關基因的數據庫

訪問次數:發布日期:2019-01-08

    2019 年1月8日,國際知名學術期刊Nucleic Acids Research以“SAGD: acomprehensive sex-associated gene database from transcriptomes”為題在線發表了我院PI陳振夏教授課題組的最新研究成果,文章報道了一個包含衆多物種中性别相關基因的數據庫。

    有性生殖的動物通常在形态、生理和行為等表型上具有顯著的雌雄差異。這種差異是因為存在着大量在雌雄之間具有表達差異的基因,也就是性别相關基因(SAG)。對性别相關基因的研究不僅對于理解基因調控和演化具有重要意義,而且其在動物繁殖和害蟲控制中也具有很重要的應用價值。此外,越來越多的證據表明,性别相關基因是影響神經退行性疾病、心血管疾病和癌症等各種疾病風險的關鍵因素。同時由于精準醫療的興起,性别作為物種間最大的形态差異不可避免的成為了精準醫療的研究重點。雖然目前測序數據衆多,但是依然沒有一個是以性别為關注點,并不适合性别相關基因的研究。所以為了使跨物種的性别之間的基因表達比較成為可能,陳振夏教授課題組手動收集了目前的測序數據用于差異分析,并将結果整合成一個可供訪問的數據庫(SAGD)。

    課題組通過整合三個數據庫的元數據信息,Expression Atlas、NCBI Short Read Archive(SRA)和NCBI Gene Expression Omnibus(GEO),來篩選合适的數據集用于差異分析。最後得到了21個物種,共2,828個測序樣本。從這21個物種中鑒定了27,793個雌性偏向的性别相關基因和64,043個雄性偏向的性别相關基因,并将表達信息整理成數據庫供研究者使用。同時該數據庫還整合了drugbank的藥物靶點信息,将作為藥物靶點的基因整合進基因信息中。數據庫可以通過多種方式訪問到需要的基因,同時每個基因都提供了較為詳細的基礎信息和分析得到的差異信息。該網站還提供了篩選得到的數據集的注釋可供研究者做更進一步的分析。

    據悉,SAGD網站的建立,為探究性别差異的研究提供了極大的便利。生命科學技術學院2018級碩士研究生石夢威和張納安為本論文的并列第一作者,陳振夏教授和華中科技大學生命科學技術學院郭安源教授為本文的共同通訊作者。該研究工作得到77779193永利官网科技自主創新基金、國家自然科學基金等項目的資助。

Baidu
sogou