近日，77779193永利官网PI龔靜教授課題組在《Nucleic Acids Research》（IF：11.1）雜志先後發表題為“ncRNA-eQTL: a database to systematically evaluate the effects of SNPs on non-coding RNA expression across cancer types” 和 “SNP2APA: a database for evaluating effects of genetic variants on alternative polyadenylation in human cancers”等2篇文章。系列文章對多種癌症中遺傳變異的功能進行深入分析，發現了大量可調控ncRNA和可選擇性多聚腺苷酸化（APA）的遺傳變異位點，構建了在線數據庫，方便其他研究者使用。
研究表明，非編碼RNA（ncRNA）在生物學過程中具有重要功能，一些遺傳變異（SNP）可通過影響ncRNA表達而導緻疾病。目前雖然有一些ncRNA得到深入研究，但絕大多數ncRNA的功能仍有待解析。在該研究中，研究團隊基于TCGA的癌症多組學數據和全基因組關聯分析（GWAS）數據，開發了新的生物信息計算方法，系統鑒定了能影響ncRNA（包括lncRNA和miRNA）的表達數量性狀基因座(ncRNA-eQTL)，并進一步整合了GWAS數據和臨床信息，鑒定了與GWAS表型或臨床信息相關的ncRNA-eQTL，并搭建了ncRNA-eQTL的數據平台。用戶可通過ncRNA-eQTL數據庫查詢和下載所有ncRNA-eQTL結果，包括不同癌症類型的順式和反式ncRNA-eQTL、患者存活時間相關的ncRNA-eQTL，GWAS 相關的ncRNA-eQTL。此外，該平台提供批量查詢功能，可跨癌症類型比較多個功能性ncRNA-eQTL或基因。該平台為探索SNP、非編碼RNA和癌症表型之間的關聯及其潛在的生物學機制提供極大便利。
研究結果表明，可選擇性多聚腺苷酸化（APA）可通過識别轉錄本上不同的PolyA加尾信号，使轉錄本具有不同長度的3’端非翻譯區（3’UTR），從而影響其生物學功能。SNP是人類遺傳變異的最常見類型，在人類複雜性狀和疾病中發揮重要作用。近來發現，一些遺傳變異可造成APA功能失調，APA也與癌症的發生發展密切相關。研究團隊利用公共數據庫多種癌症樣本的基因型數據和APA數據，通過生物信息學方法系統鑒定了影響APA事件的遺傳變異（apaQTL），并根據基因調控方式定義了順式和反式apaQTL。在進一步整合GWAS數據後，鑒定了落在GWAS區域的tag SNP及其連鎖不平衡LD區域中的apaQTL，并利用樣本的臨床信息鑒定預後相關的apaQTL。研究團隊搭建了SNP2APA數據庫展示這些結果，同時設計了軟件在線預測SNP對多聚腺苷酸化信号的影響。該數據庫将成為APA和SNP等研究領域的重要資源。
